26 октября 2015 года создано новое юридическое лицо Муниципальное автономное общеобразовательное учреждение средняя общеобразовательная школа №5, путем слияния Муниципального автономного общеобразовательного учреждения средняя общеобразовательная школа № 8 г. Черняховска и Муниципального автономного общеобразовательного учреждения «Средняя общеобразовательная школа №5 г. Черняховска Калининградской области» на основании постановления исполняющего обязанности главы администрации муниципального образования «Черняховский муниципальный район» № 986 от 02.07.2015г. «О реорганизации Муниципального автономного общеобразовательного учреждения средняя общеобразовательная школа № 8 г. Черняховска и Муниципального автономного общеобразовательного учреждения «Средняя общеобразовательная школа №5 г. Черняховска Калининградской области». Директором школы была назначена Галдукевич Алла Вячеславовна.
Как всё начиналось…
В мае 1947 года постановлением Президиума Верховного Совета РСФСР на улице М.Горького в бывшем здании немецкой школы был размещён городской комитет КПСС, а на улице Чернышевского в двухэтажном здании открылась семилетняя школа №5. Только в 1949-1950 учебном году был произведен набор в 8-й класс. Школа была расширена и заняла здание, в котором находится в настоящее время.
1950-1951 учебный год школа начала в статусе средней школы, директором которой был Филипп Васильевич Гончаренко. В мае 1952 года состоялся первый выпуск 10-х классов, аттестаты получили 11 выпускников: 6 юношей и 5 девушек. 18 июня 1953 года Филипп Васильевич Гончаренко взял отпуск и больше в школу не вернулся. Ариупова Нина Ивановна, Клименко Евгения Гавриловна исполняли обязанности директора до 11 февраля 1954 года.
С 12 февраля 1954 года до 14 сентября 1954 года директором был Александров Фёдор Степанович. После него школу возглавил Дудалев Иосиф Францевич, учитель русского языка, литературы и права. В 1961 году по рекомендации ГК КПСС директор школы Дудалев И.Ф. был назначен заведующим Городского отдела народного образования Черняховского горисполкома.
Новым директором школы была назначена Волкова Софья Прокофьевна. В 1965 году ей было присвоено звание «Отличник народного образования». В 1969 году в книгу Трудовой Славы города было занесено имя учителя физики Анатолия Ивановича Максимова, а школа была награждена переходящим Красным знаменем.
С 17 августа 1972 года директором школы назначена Анна Дмитриевна Шпакова. В 1977 году Анну Дмитриевну сменила Зоя Петровна Шалимова.
В феврале 1978 года в РДК на празднике военно-патриотической песни высокое исполнительное мастерство продемонстрировал пионерский отряд 5В класса. Ему было присвоено имя дважды героя Советского Союза И.Д. Черняховского.
С 13 октября 1987 года директором школы в порядке перевода был назначен Крахмалёв Юрий Иванович. С 20 января 1988 года директором школы работает Бенч Людмила Васильевна, а с 1989 года директором школы была назначена Наталья Петровна Найдёнова. В 1992 году она получила новое назначение на должность директора средней школы № 8, строительство которой только начиналось.
В 1991 году школу возглавила Любовь Владимировна Нестеренко.
При поддержке администрации города с целью военно-патриотического воспитания в апреле 2003 года был организован военно-патриотический клуб «Буревестник» для 7-8 классов. Через месяц ребятам было доверено отстаивать честь города в финале областной военно-спортивной игры «Зарница». Санитарный пост в игре занял второе место. По итогам выступления клуба «Буревестник» на «Зарнице» представителями ГУ Го и ЧС Калининградской области было сделано предложение организовать в МОУ СОШ № 5 г. Черняховска специализированный кадетский класс «Юный спасатель», который существует в школе и в настоящее время.